Бета-казеин составляет примерно 25-30% общего содержания белка в молоке. Существует ряд аллелей гена бета-казеина, из которых наиболее распространёнными являются A1, A2 и B. Наличие аллеля A1 ассоциировано с повышенным содержанием жира и белка. Наличие аллеля A2 связано с увеличением молочной продуктивности и повышением количества белка. Животные с аллелью В продуцируют молоко с хорошими показателями сычужной свертываемости. Комбинация аллеля В бета-казеина с аллелью В каппа-казеина благоприятно влияют на время свертывания и плотность сгустка. Каждый гаплотип в равной мере вносит вклад в формирование признака.